Sadržaj
Kad je riječ o mjerenju duljine fragmenata DNA, koji su mnogo manji od ćelija, mikrobiolozima je potreban trik, a najpogodniji je elektroforeza gelom. Ova se metoda oslanja na činjenicu da se fragmenti DNA napune, a alternativa je skupljim metodama, poput kristalnografije rendgenskih zraka, koja je bila odgovorna za otkriće strukture dvostruke spirale DNA.
Kako djeluje gel elektroforeza
Budući da se molekule DNA pune, na njih utječe električna struja. Kad ih postavite u neutralni gel i postavite struju preko gela, molekule migriraju prema pozitivnoj elektrodi (anodi). Budući da molekule DNA različitih veličina nose isti naboj, manje putuju brže, tako da ovaj postupak razdvaja molekule u trake koje se mogu usporediti s uzorcima poznatih veličina.
Osnovni postupak elektroforeze
Gel se obično proizvodi od agaroze, polisaharida koji zagrijavanjem u pufernoj otopini tvori polučvrsti, blago porozni gel. Na jednom kraju gel tvori sićušne udubine zvane jažice u koje istraživač postavlja uzorke DNA koji se ispituju, zajedno s referentnim uzorcima poznate duljine, nazvanim DNK ljestvicom. Duljine ulomaka ljestvi unaprijed su određene drugom metodom, poput kristalografije rendgenskih zraka.
Kad se gel uroni u vodljivu otopinu i primijeni se napon, fragmenti počinju migrirati kroz gel - prvo manji, a oni veći, sporiji iza. Na kraju se prema veličini formiraju u pojaseve poput spektra.
Jednom kada se to dogodi, istraživač isključuje struju, ulijeva gel s DVA vezanjem boje i uzorke ispituje pod ultraljubičastom svjetlošću. Koristeći ljestve kao referencu, istraživač može utvrditi veličinu svakog od fragmenata u vidljivom pojasu. Vidljivi su samo pojasevi - pojedini fragmenti DNK su premali da bi se mogli vidjeti.
Određivanje duljina nepoznatih ulomaka
Verovatno da nije svaki bend u uzorku par s trakom na ljestvici, tako da bi odredili veličine tih nepoznatih ulomaka, znanstvenici obično crtaju graf. Na osi x je u milimetrima prijeđena udaljenost svakog pojedinog pojasa u ljestvici, dok je na osi y veličina svakog pojasa. Kad su točke povezane krivuljom, veličina bilo kojeg pojasa može se ekstrapolirati iz krivulje nakon mjerenja udaljenosti koju je taj pojas prešao u milimetrima.