Sadržaj
Gel elektroforeza je metoda koja se koristi u laboratorijima za mjerenje i razvrstavanje lanaca DNA. Potrebno je jer je DNK u normalnim uvjetima premalo za manipulaciju, čak i ako se gleda pomoću većine mikroskopa. Laboratorij gel elektroforeze koristi relativno jednostavan postupak, a ista osnovna tehnika može se koristiti i za odvajanje pojedinih proteina.
Gel matrica
Da biste započeli postupak elektroforeze gela, prvo morate stvoriti gel. Gelovi se obično izrađuju u tankim listovima koristeći tvar koja se zove agaroza. Agaroza u prahu se stavi u tikvicu, a zatim s otopinom slane vode koja se naziva pufer. Ova smjesa agaroze i pufera se zagrijava dok se dvije tvari ne stope zajedno, a zatim izlije u kalup za oblikovanje. Uređaj koji se zove češalj postavlja se na jedan kraj kalupa prije nego što se gel ohladi. Kad se gel ohladi, češalj se uklanja, ostavljajući male utore koji će se koristiti za držanje DNK uzoraka.
Posebna karakteristika ohlađene smjese agaroze (koja se naziva gel matrica) proizlazi iz činjenice da je stvorena slanom vodom. Kad se elektrificira, matrica će postati provodljiva, omogućujući struji da teče dužinom. Još jedno posebno svojstvo gel matrice je prisutnost redovitih, mikroskopskih rupa. Te će rupice omogućiti da DNA niti mogu prolaziti kroz gel matricu i olakšati postupak sortiranja.
Komora za elektroforezu
Vaš sljedeći korak je stvaranje komore za elektroforezu. Ovo je mala pravokutna kutija, ožičena s pozitivnim i negativnim električnim spojem na oba kraja. Komore su obično plitke, dovoljno male da stanu na stol i izgrađene su od prozirnih materijala poput pleksiglasa.
Otopina slane vode izlije se na dno komore za elektroforezu, a gel matrica se lagano uroni unutar te otopine. Slana voda služi u dvije svrhe: pomaže protok električne energije i održava vlagu gel matrice. Budući da se DNK pokreće negativnim nabojem, stavite matricu kako bi se vaši uzorci nalazili pored vaše negativne električne veze.
Priprema DNK
Zatim se pripremaju uzorci DNK. Budući da je DNK u otopini gotovo, ali nemoguće vidjeti, bojilo pod nazivom pufer za punjenje dodaje se svakom pojedinačnom uzorku. Ovo sredstvo također zgušnjava otopinu DNK, što ga čini manje curenjem i djelotvornijim. Pomoću pipete prenesite uzorak DNA otopine u svaki izmjenični utor u gel matrici. U prazni utor između svakog uzorka stavite otopinu DNK čija dužina već znate (koja se naziva DNK standard) za kontrolu eksperimenta i usporedbu.
Uključite napajanje
Sada uključite svoju komoru za elektroforezu. Pod negativnom snagom, vaši DNA uzorci bit će prisiljeni na duljinu komore. Male niti DNA će se brže kretati kroz gel matricu, a za kratko vrijeme odvojit će se od dužih, sporijih. Boja u boji sredstvo omogućuje vam da pratite trag DNK. Nećete moći vidjeti pojedinačne nizove DNK, ali će se niti iste duljine spojiti.
Završni koraci
Kad se DNA sortira, matrica se uklanja iz komore za elektroforezu. DNK se zatim oboji kako bi se omogućilo lakše mjerenje i ispitivanje.