Sadržaj
- Etilendiamintetraacetat za pročišćavanje DNA
- Magneisum klorid za pojačavanje DNA
- Etidij bromid za bojenje DNK
Analiza DNK uključuje različite vrste molekularnih eksperimenata i bioloških postupaka. DNK je krhka i komplicirana sirovina, pa je za rukovanje i analizu potrebna najkvalitetnija i najčišća priprema kemikalija. Ovisno o analizi, stotine kemikalija, od kiselih i bazičnih otopina do pufera i boja, uključene su u proučavanje DNK. Razumijevanje zašto se neke kemikalije koriste ključno je za uspješne eksperimente i dobivanje točnih, pouzdanih i ponovljivih rezultata.
Etilendiamintetraacetat za pročišćavanje DNA
Za znanstveni rad pročišćene su tri vrste DNK: DNA iz genoma (genomska DNA), cijela DNK iz stanice (ukupna DNA) ili iz plazmida, koji se mogu samostalno umnožavati. Kompletnim pročišćavanjem stanične DNA koriste se kemikalije koje omogućuju uništavanje mnogih stanica tijekom lize u stanici. Kemijski etilendiamintetraacetat (EDTA) često se koristi za oduzimanje magnezijevih iona koji su potrebni za održavanje krutosti staničnih stijenki, uzrokujući njihovo slabljenje do točke da se raspadaju ili puknu, oslobađajući stanični sadržaj i DNK na analizu. Pored toga, EDTA štiti i čuva integritet DNK inhibiranjem enzima koji su normalno prisutni u stanici, a koji mogu fragmentirati DNK i učiniti ga neupotrebljivim.
Magneisum klorid za pojačavanje DNA
Lančana reakcija polimeraze (PCR) sofisticirana je metoda analize koja se koristi za umnožavanje nekoliko tisuća primjeraka DNA molekule, međutim, to je prepun tehničkih problema i netočnosti. Stoga mnogi znanstvenici rutinski izvode nekoliko različitih skupova PCR-a kako bi pronašli najoptimalnije stanje i parametre za određeni gen koji nas zanima. Jedna kemikalija koja se koristi za provođenje takve optimizacije je magnezij, koji stabilizira enzim DNK polimeraza koji se koristi u PCR-u i djeluje kao bitan ko-faktor aktivnosti enzima. Za PCR koristi se magnezij u obliku pufera magnezijevog klorida.
Etidij bromid za bojenje DNK
Etidijev bromid je boja koja se veže na DNK klizanjem između nukleotida koji čine DNK dvostruku spiraliju u procesu poznatom kao interkalacija. Ova se boja tada može osvijetliti ultraljubičastom svjetiljkom, tako da se može vizualizirati DNK na koju se vezuje etidijev bromid. Međutim, potreban je najmanje 1 nanogram DNA kako bi se etidijum bromid mogao pravilno vidjeti, dakle, to je jedan od načina otkrivanja PCR-amplirane DNK. Iako je jeftin i široko korišten, to je i mutagena kemikalija za koju se zna da uzrokuje rak, pa je njegova upotreba u laboratorijima vrlo regulirana i mnogi znanstvenici prelaze na korištenje manje toksičnih alternativa.