Sadržaj
Gelna elektroforeza je tehnika koja omogućuje analizu DNK na razini njegovih sastavnih molekula. Kod ove metode vizualizacije DNA, uzorci se postavljaju na mediju od agaroze i na električno polje se aplicira gel. Zbog toga se fragmenti DNA migriraju kroz gel različitim brzinama u skladu s njihovim elektrokemijskim svojstvima.
Etidijev bromid
Za ovu tehniku vizualizacije, etidijev bromid pomiješan je s agaroznim prahom, EDTA puferom i vodom radi dobivanja matriksa gela prije elektroforeze. Kao rezultat, molekule etidij-bromida postaju ravnomjerno dispergirane po matrici. Nakon što su gelovi u jažicama napunjeni odgovarajućim DNK uzorcima i praćenim bojama, napon se primjenjuje za polako izvlačenje velikih, polarnih spojeva preko matrice.
Tijekom ovog kretanja, baze DNA molekula privremeno se vežu za čestice zahvaljujući naboju etidij-bromida, povlačeći ih duž sebe. Po završetku elektroforeze gela svaka se molekula DNA pokupila u značajnoj količini etilijevog bromida.
U prisutnosti ultraljubičastog svjetla, etidijev bromid pokazuje fluorescenciju. Tehničari sjaje posebno kalibriranom UV svjetlošću preko gela dok stroj snima sliku užarenih fragmenata.
Metilen plava
Ako UV transiluminator nije dostupan ili je praktičan, tehničari mogu učiniti DNK vidljivim u normalnim uvjetima namočenjem gotovog gela od agaroze, elektroforeziranom DNA iznutra, u otopini metilen plave preko noći.
Kloridna sol sa značajno hidrofobnim anionom, molekule metilen plave boje prodiru u čitavu matricu gela. Međutim, vezanje vodika u cijeloj DNK uzrokuje nakupljanje molekula mrlje. Ova povećana gustoća obojenja DNA daje dublju nijansu plave boje, vidljivu golim okom.
Praćenje boja
Osim relativne veličine DNK vrpci, tehničari mogu izmjeriti apsolutnu veličinu (u parovima baza) svakog fragmenta pomoću kemikalija koje se nazivaju bojom za praćenje. Vidljivo bez dodavanja metilen plave boje ili etidijum bromida, boje za praćenje poput bromofenol plave boje i ksilen cijanola kreću se po matrici gera aragoze tijekom elektroforeze jednakom brzinom kao fragmenti DNK koji se sastoje od 300 nukleotida, odnosno 4.000 nukleotida. U elektroforezi, masivniji fragmenti DNK putuju preko gel matrice sporijom brzinom od manjih fragmenata. Stoga, dok praćenje boja ne utječe izravno na vidljivost fragmenata DNA, uspoređivanje položaja DNA fragmenta u gelu sa položajem tih boja omogućuje tehničarima da "vide" približan broj nukleotida koje fragment DNA sadrži.