Sadržaj
Znanstvenici imaju mogućnost sekvenciranja molekule DNA; drugim riječima, oni mogu odrediti redoslijed nukleotidnih baza u bilo kojoj molekuli. Sekvenciranje molekule DNA može biti prvi u nizu koraka potrebnih da se utvrdi kako specifični nukleotidi u molekuli DNK međusobno djeluju i kodiraju različite karakteristike u organizmu. Proces sekvenciranja DNK je prilično uključen, ali automatski DNK sekvence minimaliziraju potrebno sudjelovanje čovjeka, barem za jedan dio procesa.
Priprema uzoraka
Da bi automatizirani DNK sekverant radio, mora otkriti četiri nukleotidne baze koje čine DNA: adenin, gvanin, timin i citozin. Znanstvenici kopiraju djelić DNA mnogo puta i koriste restrikcijske enzime kako bi izrezali DNK na komade različitih veličina. Zatim dodaju malu količinu fluorescentne baze s oznakom u svaku šaržu DNK. Baza, koja je adenin, timin, gvanin ili citozin, veže se na njezin osnovni dodatak na kraju niti. Na primjer, adenin će se vezati za niti koji završavaju timinom, a gvanin će se vezati za niti koji završavaju citozinom.
Automatska konstrukcija sekvencera DNA
Izrađen je automatski DNK sekverant sličan DNK sekvenceru koji zahtijeva više ručnog rada. Naime, automatski sekvence DNA je spremnik, dugačak oko 1 stopa, s 96 gel jažica u koje se može uliti DNK. U automatskom sekvenceru DNA, kao i u bilo kojem DNA sekvenceru, DNK se ubrizgava u gel jažice na vrhu spremnika, a negativan naboj se nanosi na taj kraj spremnika. Negativni naboj daje snažan zamah DNA vrpci prijeći različite udaljenosti do kraja spremnika.
Automatsko ubrizgavanje
Automatski slijednik DNA ubrizgava šarže DNK-a, automatski, u vrh gela. Kao takav, to istraživačima štedi ogromno vremena i truda. Nakon ubrizgavanja serija, sekvencer automatski aplicira negativan naboj na jedan kraj spremnika, zbog čega žice prelaze različite gelove kroz različite udaljenosti. Različite udaljenosti odražavaju različite veličine lanaca DNA koji prolaze kroz gel.
Detektor
Mnoge automatske sekvence DNA postavljaju se za otkrivanje fluorescentne boje na lancima DNA koji prolaze kroz gel. Pri tome mogu prepoznati nukleotide koji se nalaze na krajevima niti i zapisati ih u računalo. Međutim, sekvence u najboljem slučaju predstavljaju pomnošenu verziju DNK nukleotida. Nakon korištenja automatskog stroja za sekvenciranje DNK, morate proći postupak nazvan "dorada", u kojem kombinacija računala i istraživača razvrstava rezultate detektiranja DNA lanca kako bi sakupili podatke u sveobuhvatan opis lanca DNA. Nije iznenađujuće da ovaj postupak može trajati mnogo duže od stvarnog procesa sekvenciranja.