Sadržaj
U 19. stoljeću taksonomija - klasifikacija živih organizama - bila je bijes u biologiji. I amateri i profesionalni prirodoslovci bili su toliko zaokupljeni zlogom prikupljanja i identificiranja bića, da su rijetki hrošči bili dobra roba. U to se vrijeme malo znalo o mikroorganizmima i njihovom mjestu u svijetu živih bića, a klasifikacija mikrobiologije nije obraćala toliko pažnje. Tijekom desetljeća koja su uslijedila došlo je do dramatičnog porasta znanja mikroba i u metodama identifikacije mikroorganizama, a dio tog porasta pokazao se učinkovitom klasifikacijom mikroorganizama.
Komponente taksonomije
Taksonomija ima tri komponente: nomenklaturu, klasifikaciju i identifikaciju. Nomenklatura je jednostavno dodjeljivanje imena nekoj vrsti. Razvrstavanjem se grupiraju vrste prema zajedničkim karakteristikama - neke od njih su fizičke, a neke biokemijske. Za identifikaciju se koriste obilježja organizma da bi se utvrdilo gdje mu pripada u klasifikacijskoj shemi. Moderna taksonomska shema ima svoju najveću, najinkluzivniju skupinu, domene. Najmanja skupina su vrste. Razine se kreću od najinkluzivnije do najkonkretnije: domena, kraljevstvo, vrsta, klasa, red, obitelj, rod i vrste. Vi ste, na primjer, Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganizmi i domene
Mikroorganizmi su izuzetno raznoliki. Njih nije definirala neka vrsta strukture ili funkcije, već jednostavno njihova veličina. Mikroorganizmi su toliko ronioci da spadaju u sve tri različite gornje razine klasifikacije - u sve tri domene. Jedna je domena bakterija, druga je arheja, a konačna je eukarija. Svi su članovi domena bakterija i arha jednoćelijski mikroorganizmi. Obje su stanice bez membrana koje razdvajaju svoj genetski materijal od ostatka stanice - membrane koje definiraju jezgro. Dakle, sva kraljevstva, phyla, klase, redovi, obitelji, rodovi i vrste unutar domena bakterija i arheja su mikroorganizmi.
Jednoćelijski protisti
Eukarije su organizmi čije stanice sadrže jezgro. Mnogi su eukariotski organizmi jednocelični mikroorganizmi, ali mnogi drugi - poput stabala crvenog drveta ili vi - niste. Stoga su potrebne dodatne klasifikacije. Kraljevstvo Protista u domeni Eukarya sastoji se od samo jednoćelijskih mikroorganizama. Protisti su podijeljeni u tri različite skupine phyla: četiri različite phyla alge, četiri različite protozoe phyla i dvije različite phyla. Ali svi organizmi unutar ove phyle - svi unutar kraljevstva Protista - su mikroorganizmi.
Mikroskopske gljivice
Kraljevstvo Gljiva nalazi se u domeni Eukarya. Neki od phyla unutar gljiva sadrže mikroorganizme. Primjerice, fil Zygomycota sadrži mikroskopske kalupe za kruh, a ph Asumycota sadrži kvasce i mikrobne štetočine i parazite. Lišeni su simbiotski skup gljiva i fotosintetski organizam - koji se dijelom nalaze u kraljevstvu Fungi, a dijelom u drugim kraljevstvima, ili čak drugim domenama.